	Salénien (plan) : Dans le système apical, plan passant par la plaque génitale 3 et l'oculaire I. Ce plan forme un angle de 36° avec le plan de Lovén (cf. ce terme et figure). Chez les Salenioida, le périprocte s'éloigne du centre de l'appareil apical, tendant à déterminer un nouveau plan de symétrie (par rapport au plan défini par Lovèn) et impliquant une symétrie bilatérale. Cela est particulièrement apparent pour les genres Salenia et Heterosalenia.
	Scissures péristomiennes : voir fentes buccales.
	Scrobicule : ou aréole. Zone circulaire située entre les granules scrobiculaires et la partie externe du cône. Sur cette zone s'insèrent les muscles actionnant les radioles.
	Secondaires (tubercules) ou granules (voir ce terme) : Les radioles secondaires supportées par ces tubercules, avaient la forme de petites aiguilles de conifères. Lorsque l'animal était vivant, les radioles secondaires étaient rabattues en direction de la radiole principale, formant ainsi une protection pour les tissus musculaires et articulaires situés à la base de cette dernière. Les tubercules secondaires des zones ambulacraires, protégeaient de même l'ouverture des pores, lorsque les podia étaient rétractés.
	Secondaires (assules) ou demi-plaques : l'augmentation du nombre d'assules dans l'ambulacre fait que souvent certaines n'occupent plus l'intégralité de la largeur du demi-ambulacre. Elles sont repoussées à l'extérieur de celui-ci.
	Septa : Structure radiale entourant la medulla dans les radioles. Les cloisons radiales sont reliées en elles par des trabécules.
	Spatangien (plan) : voir "Lovèn (plan de)". Une des dénominations du plan de Lovèn, car il est particulièrement représentatif de la symétrie des oursins irréguliers.
	Sillon neural : Bordant les granules interporaux et les pores.
	Sphérides : Organes de spatialisation et/ou d'équilibre, microscopiques, correspondant à des radioles modifiés. On les trouve généralement sur la face adorale des ambulacres, dans des cavités, près de la suture perradiale. Bien évidemment, sur les fossiles, on ne trouve que les cavités qui les contenaient.
	Spicules : Corpuscules microscopiques de formes variées, inclus dans l'épithélium.
	Subpétaloïde : Terme décrivant l'aspect d'un ambulacre ayant tendance à ressembler à un pétale vrai.
	Supports internes : Structures en forme de piliers, mal définis au niveau de leur forme et reliant intérieurement les deux faces de l'oursin. Particulièrement bien développés chez les Clypeasteridae.
	Suranales : Plaques venant compléter l'appareil apical chez certaines formes d'oursins.
	Surface articulaire : Partie proximale du radiole par lequel ce dernier s'articule sur le mamelon du tubercule.
	Suture : Les plaques de la couronne sont en contact avec les assules adjacentes via des sutures. Un adjectif qualifie généralement le mot suture, afin d'indiquer précisément la localisation relative de celle-ci. Ainsi, la suture adradiale met en contact les plaques externes des ambulacres et des interambulacres. La suture est dite perradiale lorsqu'elle sépare les deux colonnes de plaques d'un ambulacre ; dans la même situation, mais au niveau d'un interambulacre, elle est dite interradiale. Voici pour les sutures d'axe vertical. La terminologie des sutures axées horizontalement : il s'agit donc de sutures séparant le haut et le bas des plaques dans un interambulacre ou un interambulacre. On la dira adorale (donc orientée du côté de la bouche : pôle adoral) ou adapicale (orientée du côté du système apical : pôle aboral).